Dyrektywa regulująca podatek VAT nie pozwala Polsce na utrzymanie 8 proc stawki VAT na dostawę większości kategorii aparatury medycznej wykorzystywanej na potrzeby lecznicze w szpitalach. Jednak odwlekanie decyzji o zmianie stawki może zakończyć się wyrokiem TSUE w Strasburgu.
Przepisy Dyrektywy VAT dopuszczają stosowanie obniżonej, w Polsce 8 % stawki VAT na dostawę sprzętu medycznego, sprzętu pomocniczego oraz pozostałych urządzeń wykorzystywanych zwykle do łagodzenia skutków lub leczenia niepełnosprawności, które są przeznaczone wyłącznie do użytku osobistego przez osoby niepełnosprawne. W pozostałym zakresie, wyroby medyczne powinny podlegać opodatkowaniu podstawową stawką VAT tj. nie niższą niż 15 procent (w Polsce 23 procent). Według polskich przepisów o VAT, zakres stosowania obniżonej stawki VAT jest dużo szerszy (zarówno w zakresie produktów farmaceutycznych jak i wyrobów medycznych).
Ministerstwo Finansów nadal nie wprowadziło zmiany w zakresie podwyższenia stawki podatku VAT od wyrobów medycznych stosowanych w szpitalach. Wydaje się, że nieuniknione jest podwyższenie tej stawki do 23 procent tj. o 15 p. proc. Do momentu zmiany przez Ministerstwo Finansów krajowych przepisów o VAT, dostawcy sprzętu mogą nadal stosować obniżoną stawkę VAT, bowiem krajowe regulacje są korzystniejsze w tym względzie niż unijna Dyrektywa VAT. Bardzo możliwe jednak, że należy przygotować się na pewne zmiany opodatkowania VAT wyrobów medycznych w najbliższym czasie. Jeżeli koszty zakupu m.in. sprzętu medycznego zwiększą się dla poszczególnych szpitali, konieczny wydaje się również wyższy poziom finansowania z Narodowego Funduszu Zdrowia. Jednakże, w kontekście obecnego stanu budżetu NFZ, możliwość zwiększenia refundacji wydaje się być mało realna.